Tujuan pendidikan menengah seperti yang dicanangkan oleh pemerintah adalah meningkatkan kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia, serta ketrampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut dengan tetap memiliki keseimbangan sikap, pengetahuan, dan keterampilan yang terpadu dalam kehidupan sehari-hari
“Sekolah Islami Berbasis Teknologi Informasi Yang Unggul Dalam Prestasi, Peduli Lingkungan Dan Siap Menyongsong Masa Depan”. Adapun indikator visinya sebagai berikut:
Untuk mewujudkan visi tersebut, sekolah memiliki misi yang dijabarkan sebagai berikut :
SMA Muhammadiyah Wonosobo merupakan salah satu sekolah swasta yang masih eksis keberadaannya sejak berdiri tahun 1979. Dengan karakteristik kota Wonosobo yang berada di daerah pegunungan, sehingga memiliki karakteristik yang berbeda baik dalam bidang sosial, budaya, dan ekonomi dengan daerah lainnya. SMA Muhammadiyah Wonosobo merasa harus berada di garda terdepan dalam mewujudkan amanah masyarakat Kabupaten Wonosobo dan Provinsi Jawa Tengah untuk menjadi salah satu institusi pendidikan yang maju, ekslusif, dapat dipercaya dan ikut andil dalam pembangunan sumber daya manusia yang unggul, berdaya saing tinggi dalam bidang sains dan teknologi, mantab dalam Iman dan taqwa, berwawasan lingkungan dan peka terhadap globalisasi.
Sebagai salah satu SMA Rujukan Nasional di Indonesia, yang telah ditunjuk oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan sejak tahun 2017, dan telah ditetapkan oleh Majelis Dikdasmen PWM Jawa Tengah sebagai SMA Unggulan Muhammadiyah Jawa Tengah maka SMA Muhammadiyah Wonosobo merasa tertantang untuk mewujudkan amanah masyarakat dalam layanan pendidikan yang semakin baik sesuai dengan UUD 1945, UU Sisdiknas, Permendiknas, dan peraturan perundang-undangan dalam bidang pendidikan yang berlaku.
Masalah-masalah yang dihadapi satuan pendidikan seperti SMA Muhammadiyah Wonosobo, sekaligus masalah yang dihadapi oleh bangsa Indonesia dalam bidang pembangunan pendidikan yang diantaranya adalah bergulirnya arus globalisasi yang begitu cepat yang ditandai dengan persaingan kuat dalam bidang teknologi, manajemen, dan sumber daya manusia (SDM). Untuk memenuhi hal tersebut, semua warga sekolah perlu terus belajar dan menguasai teknologi agar dapat meningkatkan efektifitas dan efesiensi proses peningkatan mutu pendidikan. Sedangkan keunggulan sumber daya manusia akan menentukan kelangsungan, perkembangan dan pemenangan persaingan pada era global ini secara berkelanjutan dengan dukungan teknologi dan manajemen yang kuat dalam mewujudkan sekolah yang efektif dan efesien. Untuk mewujudkan itu semua maka selain melakukan pemenuhan 8 standar nasional pendidikan SMA Muhammadiyah Wonosobo memiliki 6 Program Strategis sebagai berikut:
SMA Muhammadiyah Wonosobo adalah sekolah yang menjunjung tingi nilai-nilai keislaman dalam pendidikannya. Hafalan surat & ayat Al Quran, pidato/ceramah agama dalam 5 bahasa (Indonesia, Inggris, Arab, Jepang, Jawa), pengajian kelas, Sholat Dhuhur Berjamaah, Tadharus Al Qur’an setiap awal pelajaran, Pembiasaan Sholat Dhuha, Gerakan Infaq setiap hari untuk seluruh warga sekolah, Bimbingan Baca Al Qur’an, Bimbingan Tilawatil Qur’an, SBT (Spiritual Building Trining), Gerakan menanaman sifat, sikap dan perilaku islami kepada seluruh warga sekolah serta peningkatan kemampuan Bahasa Arab adalah program untuk menjadikan SMA Muhammadiyah Wonosobo menjadi sekolah yang benar-benar sekolah yang Islami.
Program kewirausahaan di SMA Muhammadiyah Wonosobo merupakan program untuk mengenalkan konsep kewirausahaan, pengembangan nilai-nilai kewirausahaan, latihan mengembangkan usaha, pengalaman praktis berwirausaha, menumbuhkan minat berwirausaha dan mengembangkan potensi berwirausaha. Oleh karena itu program kewirausahaan ini menjadi alternatif dalam mempersiapkan lulusan yang memiliki karakter jiwa wirausaha, mampu menerapkan dan mengelola peluang usaha serta mampu menyesuaikan diri agar berhasil dalam kehidupan bermasyarakat serta memiliki kemampuan untuk menghadapi persaingan global.
Untuk dapat memberikan kepuasan dan pelayanan maksimal kepada siswa, orang tua, majelis dikdasmen, dinas pendidikan dan seluruh stake holder yang ada maka SMA Muhammadiyah Wonosobo melakukan penjaminan mutu dengan mengaplikasikan ISO 9001 : 2015.
Dengan adanya boarding school maka pembelajaran yang mengintegrasikan ilmu agama dan ilmu umum akan membentuk kepribadian yang utuh setiap siswa. Pelayanan pendidikan dan bimbingan dengan sistem boarding school diupayakan selama 24 jam, sehingga segala aktifitas siswa akan senantiasa terbimbing, kedekatan antara guru dengan siswa selalu terjaga, masalah kesiswaan akan selalu diketahui dan segera terselesaikan.
Keragaman kemampuan akademik, minat bakat dan potensi peserta didik menyebabkan timbulnya tuntutan kebutuhan akan pengembangan sistem pembelajaran yang inovatif, lebih efektif dan tentunya dapat mengakomodasikan keragaman tersebut. Di sekolah yang memiliki peserta didik yang beragam, perbedaan pada setiap individu janganlah dijadikan kekurangan atau menjadi sebuah penghalang dalam belajar. kemampuan dasar peserta didik sudah pasti akan berbeda-beda. Ada peserta didik yang memiliki kemampuan akademik yang lebih tinggi dan ada yang lebih rendah.
Model pembelajaran di tingkat sekolah menengah dengan sistem yang berkembang di Indonesia dewasa ini, umumnya menuntut peserta didik mengambil paket mata pelajaran yang telah disediakan di sekolah, hal ini tidak melatih kemandirian peserta didik dalam segi memilih pelajaran, karena peserta didik tidak dilatih untuk merancang rencana pembelajaranya sendiri. Perbedaan kadar kemampuan dasar yang dimiliki peserta didik dan dikenal juga sebagai kecerdasan majemuk, menjadi salah satu alasan mengapa setiap individu perlu perlakuan berbeda karena masing-masing memiliki minat, bakat dan kecerdasan yang tidak sama, demikian pula dari segi kecepatan belajar, ada dapat menyelesaikan pelajaran dengan cepat dan ada yang lambat. Meskipun demikian perbedaan kemampuan belajar seharusnya tidak menjadi penghalang bagi seseorang untuk menjadi pribadi yang mandiri.
Melatih peserta didik belajar secara mandiri, adanya heterogenitas atau keragaman kemampuan dasar yang berbeda diantara peserta didik, menjadi latar belakang ditetapkanya sistem pembelajaran model SKS (Sistem kredit Semester) di SMA Muhammadiyah Wonosobo.
Dalam rangka meningkatkan fungsi sosial dan partisipasi dalam pelayanan kesehatan dan juga dalam rangka memberikan pelayanan prima kepada siswa, oarang tua siswa, guru dan karyawan serta masyarakat sekitar, maka SMA Muhammadiyah Wonosobo siap mendirikan dan mengoperasikan Klinik Pratama SMA Muhammadiyah Wonosobo.